Adjunto se encuentra un script que sirve para encontrar scripts perdidos en la escena.
Para poder usarlo hay que crear una carpeta "Editor" en el proyecto, dentro de cualquier carpeta que se encuentre en Assets, y soltar el script en esa nueva carpeta.
Una vez se haya importado, desplázate hasta el menú Window y haz click en el script para lanzarlo:
Esto debería localizar en la jerarquía qué objetos tienen esos scripts desaparecidos y se debería poder borrar esos componentes.
Una vez borrados, ya podría volver a publicarse la escena.